Hlavní díla
Šternberský palác na Hradčanském nám. čp. 57 v Praze, dnes jsou v něm vystaveny sbírky starého evropského umění Národní galerie (1698-1707, spolupráce s G. B. Alliprandim),
- přestavba kostela Nanebevzetí P. Marie cisterciáckého kláštera, Sedlec u Kutné Hory, Santiniho první leč špičkové samostatné dílo (1702-07) a úprava hřbitovního kostela Všech svatých se známou kostnicí, též v Sedleci (1705-09),
- kaple sv. Anny v Panenských Břežanech (1705-07),
- úprava vlastního domu, pův. Valkounského, v Ostruhové nyní Nerudově ul. čp. 211 v Praze (1705),
- palác hr. Lissau na Staroměstském nám. v Praze (kolem 1706, zbořen 1896),
- fasáda Mladotova domu, později kapitulní děkanství, Vikářská ul. čp. 37 na Pražském hradě (1706-07),
- asi účast na stavbě zámeckého kostela Zjevení Páně ve Smiřicích (1706-13, spolu s Kryštofem Dientzenhoferem),
- přestavba kostela P. Marie cisterciáckého kláštera ve Žďáru nad Sázavou (1706-12),
- trojité schodiště Svaté schody v kostele Na Karlově v Praze (1708),
- kostel sv. Liboria v Jesenici (1709-11),
- tři křídla cisterciáckého kláštera-konventu, dnes Národní galerie - stálá expozice sochařství, zámek Zbraslav (1709-23, dokončil 1724-32 F. M. Kaňka),
- pavilonové jižní křídlo jezuitské koleje v Hradci Králové (kolem 1710),
- plány kláštera cisterciáků v Plasích (1711, stavba konventu a kaple sv. Benedikta 1711-40),
- poutní kostel Povýšení sv. Kříže v Jaroměřicích (1712-13),
- přestavba benediktinského kostela P. Marie v Kladrubech u Stříbra včetně oltářů, kazatelny aj., jedno z největších děl Santiniho (1712-26, dostavoval K. I. Dientzenhofer),
- asi přestavba zámku hr. Lažanských v Manětíně (po požáru v r. 1712),
- asi mariánský morový sloup v Kutné Hoře (1713-15, sochař F. Baugut),
- palác Morzinský v dnešní Nerudově ul. čp. 256 v Praze, dnes rumunské velvyslanectví, jedna z nejvýznamnějších staveb pražského baroka (1713-14, plastiky F. M. Brokoff),
- přestavba kostela Nejsv. Trojice v Rychnově nad Kněžnou (1713-14) a přestavba zámku Kolowratů tamtéž (do 1722),
- přestavba (po požáru) kláštera premonstrátů (nově postaveno opatství a konvikt) a klášterního kostela Narození P. Marie v Želivi (1713-20), asi též úprava hřitovního kostela sv. Petra a Pavla v Želivi (1712-19) vč. hřbitovního altánku (1719),
- asi zadní část biskupské rezidence, dnes galerie, na Žižkově nám. v Hradci Králové (1714-16),
- asi kostel sv. Klimenta v Hradci Králové (1714-17),
- kostel sv. Petra a Pavla s farou v Horní Bobrové u Žďáru nad Sázavou (1714-22),
- proboštství a obydlí abatyše kláštera cisterciaček v Pohledu u Havlíčkova Brodu (1714) a pozoruhodný centrální kostel sv. Anny tamtéž (realizace až 1766),
- asi přestavba rozlehlého paláce Schönbornského (později Colloredovský, dnes velvyslanectví USA), Tržiště čp. 365 na Malé Straně v Praze (kolem 1715),
- přestavba paláce Novohradských z Kolowrat, později Ledebourského, na Valdštejnském nám. čp. 162 v Praze (1717, později upravený Palliardim),
- poutní kostel P. Marie ve Křtinách u Brna (po 1718),
- poutní kostel sv. Jana Nepomuckého na Zelené Hoře u Žďáru nad Sázavou, jedno z vrcholných Santiniho děl - zapsáno v Seznamu světového kulturního dědictví UNESCO (1719-22),
- přestavba zámku v Lázních Bělohradě (kolem 1720),
- asi půvabný lovecký zámeček hr. Kolovrata "Diana" u Tachova (po 1720),
- asi krásná centrální kaple sv. Jana Nepomuckého na návsi (po 1710) a kostel sv. Jana Křtitele (kolem 1720) v Běstvině u Golčova Jeníkova,
- poutní kostel Zvěstování P. Marie v Mariánském Týnci u Plas (1720-51),
- přestavba paláce Thun-Hohenštejnského v Nerudově ul. čp. 214 v Praze (1720-25, sochařská výzdoba Mat. Braun a jeho žáci),
- slavný zámek Karlova Koruna pro hr. Kinského v Chlumci nad Cidlinou a zámecké kaple Zvěstování P. Marie (1721-23, stavěl F.M.Kaňka),
- dostavba kostela Nanebevzetí P. Marie ve Vojslavicích u Pelhřimova (1721-23),
- poutní kostel Navštívení P. Marie v Obyčtově u Žďáru n. Sáz. (1722-30),
- kostel sv. Petra a Pavla benediktinského kláštera v Rajhradě u Brna (1722-39),
- asi přestavba paláce hr. Trauttmannsdorfa na Mariánském nám. čp. 159 v Praze (1723),
- barokizace kostela sv. Petra a Pavla na Vyšehradě v Praze (1723, realizoval poté F. M. Kaňka a V. Bejšovec, 1885 kostel regotizován J. Mockerem),
- přestavba hřbitovního kostela sv. Mikuláše v Kozojedech u Kralovic (stavba 1727),
- kaple: Jména P. Marie v Mladoticích u Kralovic (1708-10), Nejsv. Trojice v Ostružnu u Jičína (1720), P. Marie, dnes pohřební síň v Kouřimi (stavba až 1727),
- hospodářský dvůr plaského kláštera v Hubenově u Kralovic (stavba až 1730-34),
- s velkou pravděpodobností projektoval též
Kostely: v Kopidlně (1704-05), v Chotouni u Českého Brodu (před 1706), v Cerekvici nad Bystřicí u Hořic (1719), v Nových Mitrovicích u Nepomuku (1722-26), v Dymokurech u Nymburka (1723-25), ve Skále u Havlíčkova Brodu (stavba až 1728), hřbitovní v Damnově u Tachova (stavba až kolem 1730), v Kostelci u Plzně (stavba až 1741-44),
Přestavby kostelů: v Mladé Bříšti u Pelhřimova (od 1712), v Humpolci (1721-22), ve Všehrdech u Plzně (stavba až 1730-32),
Kaple: hřbitovní v Boněnově u Tachova (po 1720), v býv. zámeckém parku v Čelině u Nového Knína (po 1720), v Nadrybech u Plzně (1725).