Farní kostel sv. Františka se nachází v městské části Šiška na severozápad od centra Lublaně. Původním záměrům františkánských bratrů postavit kostel zabránila první světová válka a po ní již přišel Plečnik s projektem, který ideově rozvíjel jeho návrh pro vinohradský kostel z roku 1922. Ten tvarově vycházel z řeckého chrámu, kde do čtvercového hlavního sálu vložil centrální prostor definovaný kruhovým sloupořadím. Hlavní oltář byl kvůli kruhové kolonádě posunut více doprostřed, kde stál přímo mezi věřícími, a centrální prostor vytvářel pro všechny účastníky obřadu silnější pocit pospolitosti. Podobný princip a účinky použil Plečnik právě u projektu kostela do Šišky, kde však byl kruhový centrální prostor nahrazen čtvercovým sálem se sloupovým rastrem pět metrů.
Projekt kostela doprovázely již tradičně finanční potíže, což se projevilo v některých improvizovaných řešeních, ale především ve zdlouhavém procesu výstavby, což se nakonec ukázalo jako pozitivní prvek, neboť lze u jediné stavby spatřit proměnu Plečnikova rukopisu a jeho aktuální oblibu určitých prvků. Během doby Plečnik navrhl v kostele všechny tři oltáře, kde se navracel k podstatě liturgie, přes předkřesťanské prvky přicházel s řadou renesancí inspirovaných návrhů, aby v interiéru kaple Panny Marie Bolestné nakonec přinesl důkaz, že se na stáří rád vracel k barokním formám. Plochý strop v kostele má dřevěný pohled s řadou horních oken připomínajících starokřesťanské baziliky, což byl pro Plečnika pravzor pro kostelní stavby. Antikizující fasáda je až na sloupový portál velice jednoduchá. Zvonice nacházející se na ose hlavního vstupu prodlužuje vertikalitu zadní oltářové stěny, jejíž výška dynamicky pokračuje směrem nahoru ke kruhové věži, zakončené strmou kuželovou střechou.
Kostel byl vysvěcen v říjnu 1926, impozantní zvonice pak byla dokončena v roce 1931, ale na interiérech a jednotlivých detailech Plečnik pracoval po celý život a k realizaci některých variant došlo až po jeho smrti.
Kostel Svatého Františka z Assisi byl první větší Plečnikovou realizací v Lublani. Tato úžasná a velkolepá stavba zavedla do Lublaně nové měřítko a nové standardy. Po dokončení kostela nastalo neobyčejně plodné období realizace rozsáhlých urbanistických plánů, které daly vzniknout pojmu 'Plečnikova Lublaň'.